1.Товар есть. Он будет присутствовать при выдаче по запросам(Фильтры и поиск на сайте) и будет раздражать
2.у меня количество 0 уже занято! Использую эту фишку, как товар «под заказ».

Если включен модуль фильтрации:
Открыть /modules/blocklayered/blocklayered.php
перед:

AND p.id_product IN ('.implode(',', $product_id_list).')

добавить:

AND stock.quantity > 0

иначе открыть файл /classes/Category.php и после:

AND cp.`id_category` = '.(int)$this->id

добавить:

.' AND stock.quantity > 0'

Поиск:
открыть /classes/poisk.html и после:

WHERE p.`id_product` '.$product_pool.'

добавить:

AND stock.quantity > 0

и ниже:

$sql = 'SELECT COUNT(*)
                FROM '._DB_PREFIX_.'product p
                '.Shop::addSqlAssociation('product', 'p').'
                INNER JOIN `'._DB_PREFIX_.'product_lang` pl ON (
                    p.`id_product` = pl.`id_product`
                    AND pl.`id_lang` = '.(int)$id_lang.Shop::addSqlRestrictionOnLang('pl').'
                )
                LEFT JOIN `'._DB_PREFIX_.'manufacturer` m ON m.`id_manufacturer` = p.`id_manufacturer`
                WHERE p.`id_product` '.$product_pool;

заменить на:

$sql = 'SELECT COUNT(*)
                FROM '._DB_PREFIX_.'product p
                '.Shop::addSqlAssociation('product', 'p').'
                INNER JOIN `'._DB_PREFIX_.'product_lang` pl ON (
                    p.`id_product` = pl.`id_product`
                    AND pl.`id_lang` = '.(int)$id_lang.Shop::addSqlRestrictionOnLang('pl').'
                )
LEFT JOIN `'._DB_PREFIX_.'manufacturer` m ON m.`id_manufacturer` = p.`id_manufacturer`
LEFT JOIN `'._DB_PREFIX_.'product_attribute` pa    ON (p.`id_product` = pa.`id_product`)
'.Shop::addSqlAssociation('product_attribute', 'pa', false, 'product_attribute_shop.`default_on` = 1').'
'.Product::sqlStock('p', 'product_attribute_shop', false, $context->shop).'
                WHERE p.`id_product` '.$product_pool.'
AND stock.quantity > 0';